Sākotnēji Bērzaunes apkārtnē bijušas četras skolas – Lipšu, Boķu, Smilteņu un Pareizticīgo draudzes skola Kailenēs. Pēc otrā pasaules kara tās savu darbību beigušas. Šodien pagastā ir tikai viena skola – Bērzaunes pamatskola.

Bērzaunes pamatskolu pirmo reizi dokumentos min Zviedru Ekonomikas pārvaldes priekšnieks 1699. gadā. Skolai bijusi sava ēka, kurā mācījušies 11 bērni, 1732. g. – 10 bērni. Skolēnu maz, jo citi mācās muižas skolās.

No 1876. līdz 1903. gadam par skolu rūpējas pārvaldnieks un skolotājs Indriķis Priedītis. Tiek veidota skolas apkārtne, tiek stādīti sudrabvītoli, rakti dīķi. Skolotājs skolai veltījis 28 darba gadus.

No 1903. līdz 1904. g. par pārvaldnieku strādā skolotājs Lustbergs. Īpašu izmaiņu šajā laika periodā nav.

1905. līdz1914. g. pārvaldnieks ir skolotājs P. Avotiņš. Viņš vada skolas kori, ir bijis draudzes ērģelnieks. Pirmā pasaules kara sākumā iet bojā. 1905. gada notikumu laikā bērzaunieši veido rīcības komiteju 16 cilvēku sastāvā, kurā aktīvi darbojas arī skolotāji – Āronietis Andrejs, Sestulis Andrejs. Pirmā pasaules kara laikā skolā ierīko hospitāli.

Laika posmā līdz 1920. g. skolā mācījušies un vēlāk iegūtās zināšanas nesuši tautā: A. Lietavietis – zinātnieks, akadēmiķis, J. Lietavietis – miertiesnesis, Ā. Matīss – tautskolotājs Bērzaunē, J. Dievkociņš – dzejnieks, P. Māršāns – skolotājs, P. Apkalns – mācītājs, K. Baltpurviņš – rakstnieks, P. Pakalnietis – Latvijas vēstniecības pārstāvis Igaunijā.

Otrā Pasaules kara laikā daļā skolas ēkas tika iekārtota Izpildkomiteja, taču mācības netiek pārtrauktas. 1940. – 1941. gadā skolā par direktoru strādā Pēteris Ziemiņš, šajā gadā absolventu skaits – 15 skolēni.

1941. – 1945. g. par skolas direktoru strādā Hugo Delle, 1942. g. absolventu skaits – 19 skolēni, 1944. g. – 18, 1945. g. – 3 skolēni.

No 1945. līdz 1947. g. par skolas direktori strādā Marianna Brežģe. Šajā laikā absolventu skaits – 12 skolēni.

1948. – 1966. g. par skolas direktori strādā Rūta Vaivade. 1948. g. skolā jau mācās 131 skolēns, strādā 10 skolotāji. Baiga un drūma Bērzaunes skolā atnāca 1949. gada 25. marta diena. Jau 24. marta vakarā skolā ieradās krievu virsnieki. Virsnieki palika pa nakti skolā un arī skolotājiem neļāva iet projām no skolas. Otrā rītā staigāja pa skolu un ņēma bērnus ārā no klasēm.

1952./53. m. g. skolā jau mācās 164 skolēni, internātā dzīvo 60 skolēni. Blakus skolai atradās siena – labības šķūnis. Tika izstrādāts projekts, kā šo ēku izmantot, un 1954 gadā ēku beidz pārbūvēt. Tā kļūst par skolas internātu.

Bija nepieciešami arī dzīvokļi skolotājiem, tika izremontēta mācītājmuiža un seši skolotāji saņēma dzīvokļus.

1955 . skolā ievilka elektrību, arī te tika daudz paveikts pašu spēkiem, skolotājs Juris Vaivads ar vecāko klašu zēniem sagatavoja 17 elektrības stabus.

1961.g. vienā no pirmajām skolām rajonā Bērzaunē atver 8. klasi, atkal trūkst telpu, jādomā – kā paplašināt skolas telpas. Piebūves projektu izstrādāja 2 gadu laikā. Projekta autors – Dāme no Ērgļiem. Paredzēts, ka būs klašu telpas un arī sporta zāle. Piebūvi beidza celt 1965. g., gan bez sporta zāles, jo atkal nepietika līdzekļu. Pirmais izlaidums jaunajā piebūvē bija 1966. g. pavasarī.

No 1966. līdz 1977. g. par skolas direktori strādā Anna Viļuma. Īpaša vērība tiek veltīta deju mākslai – gan tautiskajai dejai, gan sarīkojumu dejām (vadītāja Dzidra Rubene), tiek šūti jauni tērpi. Skatēs un dažāda mēroga konkursos iegūtas labas vietas. 1972. gadā Skolu jaunatnes Dziesmu svētkos pirmo reizi piedalās Bērzaunes deju kolektīvs un sarīkojumu deju kolektīvs, vadītāja Dzidra Rubene.

1977. gads skolā ir pārbaudījumu laiks, jo mainās skolas direktori – Pēteri Radiņu nomaina Jānis Bērziņš. Pētera Radiņa laikā biežāk uzsvērts sportiskums un labie panākumi sportā.

No 1977. līdz 1979. g. skolas direktors ir Jānis Bērziņš. Šajā laikā skola iegūst gaišumu vārda vistiešākajā nozīmē – skolas sienas un sali tiek krāsoti gaišās krāsās. Skolā tiek ievilkts ūdensvads, un līdz ar to atrisinās daudzi sadzīviski jautājumi. Skolā turpina plaukt pašdarbība, turpinās deju un dziedāšanas mākslas apguve. 1979. g. Skolu un jaunatnes Dziesmu svētkos pirmo reizi piedalās skolas 4. – 8. klašu koris, diriģents Jānis Bērziņš.

1979. – 1985. gadā par skolas direktori strādā Astrīda Ezerkalne, kad īpaši tiek kopta un labiekārtota skolas apkārtne. Skola sociālistiskajā sacensībā iegūst ceļojošo kausu. 1984. g. 5. Skolu jaunatnes dziesmu un deju svētkos piedalās 4. – 8. klašu deju kolektīvs, vadītājs Jānis Šķēle.

1979. gadā direktora vietas izpildītāja – Veronika Caune. Šajā laikā tiek meklēta iespēja skolēniem strādāt ražošanas uzņēmumos.

No 1987. līdz 1990. gadam skolas direktora pienākumus uzņemas Normunds Broks. Šajā laikā veidojas labestīga sadarbība ar skolēnu vecākiem. Skolā notiek eksperiments, un Bērzaunes pamatskola ir pirmā skola rajonā, kas pāriet uz piecu dienu darba nedēļu. Turpina darboties dažādi pulciņi un fakultatīvi. Darbu atsāk koris un 1987. g. Vidzemes zonas Skolēnu Dziesmu un deju svētkos skolas 5. – 8. klašu korim pirmā vieta Vidzemes zonā, diriģente Ināra Stepāne.

No 1991. gada līdz 2010. gada februārim skolas direktors ir Zigmunds Āboliņš. Skolā tiek daudz domāts, kā skolēnus rosināt iesaistīties dažādos rajona un republikas līmeņa konkursos. 1995. g. 7. Skolu jaunatnes Dziesmu un deju svētkos piedalās 5. – 6. klašu tautisko deju kolektīvs, vadītāja Guna Vucāne un 5. – 9. klašu koris, vadītāja Ināra Stepāne. 2000. g. 8. Skolu jaunatnes Dziesmu un deju svētkos piedalās 5. – 9. klašu koris, vadītāja Ināra Stepāne. Nosvinēta skolas 300 gadu jubileja. Skolas direktors atestācijā ieguvis augstāko vērtējumu.

No 2010. gada februāra direktore Veronika Caune. No 2010. līdz 2013.gadam skolas galvenā ēka tiek renovēta,  nojaukts skolas internāts,  izveidots asfaltēts sporta spēļu laukums, iekārtots informācijas tehnoloģiju kabinets.

Kopš 2013.gada augusta skolu vada Ilga Gailuma.  2013./2014.mācību gadā izremontēts un labiekārtots meiteņu mājturības kabinets, izveidota lasītava, dabas zinību kabinets, laboratorija; turpinās darbi skolas apkārtnes labiekārtošanā. Ar 2013. gada 1.septembri skolēniem ir savs skolas autobuss. 2014.-2016. izveidots bruģēts celiņš uz sporta laukumu, izremontēts zēnu mājturības  un tehnoloģiju kabinets, labiekārtota skolas ēdamzāle, iegādātas divas  interaktīvās tāfeles. Skolā darbojas 6 ar ITK aprīkoti kabineti. 2015. gadā  6.-12. jūlijam XI Latvijas skolu jaunatnes dziesmu un deju svētkos Rīgā  starp 37400 svētku dalībniekiem bija 24 Bērzaunes 5. – 9. klašu koristi kopā ar savu diriģenti Ināru Stepāni.
Skola regulāri piedalās Madonas novada izglītības programmu projektu konkursā, gūstot atbalstu saviem projektiem. Skolotāji kopā ar skolēniem izstrādā  ekskursiju projektu “Pētīsim un izzināsim Latvijas vēsturi!”, saņemot finansiālu atbalstu plānotajām ekskursijām.